ภาควิชาสรีรวิทยามีแผนการดำเนินงานที่สอดคล้องกับภารกิจ แผนยุทธศาสตร์ของมหาลัยเกษตรศาสตร์มีจำนวน 7 แผนดังต่อไปนี้ การเรียนการสอน การวิจัย การบริการวิชาการ การทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม การบริหารจัดการ การเงินและงบประมาณ การประกันคุณภาพการศึกษา